El valle donde hoy está situada la población de San Carlos fue descubierto en los días de la conquista por el capitán Francisco Núñez Pedroso, a quien el Visitador Miguel Díaz de Armendáriz concedió permiso para colonizar y erigir poblados entre el río Magdalena y la cordillera central.

El lugar donde hoy está San Carlos, era el territorio del Cacique Punchiná; en aquella época le denominaron Valle del Corpus Christi, por haber llegado acá los soldados, la víspera de dicha festividad. Regresaron entonces los enviados hasta el Valle del Samaná, donde se encontraba francisco Núñez Pedroso y le informaron de la amplitud y la belleza del paisaje del valle recién encontrado, de la abundancia y limpidez de sus aguas, también de la enorme cantidad de pepitas de oro que ocultaban las arenas en sus arroyos; fue entonces, cuando el capitán Núñez Pedroso tuvo el proyecto de sentar en el hermosísimo valle del Corpus Christi, las bases de una ciudad, como punto de escala para sus futuras expediciones. En consecuencia, ordenó a sus expedicionarios regresar allí; los aborígenes al darse cuenta de la presencia de intrusos, prendían fuego a sus viviendas y huían hacia los montes.

Cuentan los historiadores que el valle de San Carlos de Priego, como originalmente se le nombro, lo habitaron tribus indígenas pertenecientes a la familia de los tahamies que se distinguían por su cuidadoso trabajo en la alfarería y en la fabricación de artículos de oro. Los ricos yacimientos de oro existentes fueron focos de atención poderosos para los españoles que se apresuraron a invadir esta región. Según el historiador Duque Betancur en este territorio fue fundada la población de Remedios en 1562. Por diversas circunstancias, esta fue sometida a una serie de traslados hasta ubicarla en el sitio que hoy ocupa.

Según el historiador Manuel Uribe Ángel, el Valle del Corpus Christi, es el actual Valle de San Carlos. Recibió diversas denominaciones: Valle del Corpus Christi, Nuestra Señora de los Remedios, Santa Maria de Águeda, San Carlos de Priego. Nuestra Señora de los Remedios fue fundada en 1560 por Francisco Martínez.

Antes de la fundación de San Carlos De Priego, existió hacia finales del siglo XVII una población llamada Santa Maria De Águeda, la cual aunque se desconocen las razones, fue incendiada por Maria del Pardo, quien recorrió la población en compañía de sus capataces y esclavos y luego ordeno prenderle fuego.

La nueva población San Carlos de Priego fue fundada el 14 de Agosto de 1786, se denomino así por dos motivos: en reconocimiento a su majestad Carlos III y la denominación de Priego para recordar un pueblito de la provincia española de Córdoba, de donde se dice que era el Virrey Antonio Caballero y Góngora. Su fundador el señor Francisco Lorenzo de Rivera, solicito permiso para el establecimiento de le nueva población, a quien en esa época desempeñaba el cargo de Arzobispo Virrey Don Antonio Caballero y Góngora, quien acogió la solicitud favorablemente. La población fue bautizada con el nombre de San Carlos de Priego según el informe rendido al rey de España, por el entonces visitador de la provincia de Antioquia Don Antonio Mon y Velarde.

San Carlos en la segunda mitad del siglo XIX

Desde la segunda mitad del siglo XIX hasta el final del mismo siglo, la población se dedicaba económicamente a la minería llamada mazamorreo, para la cual se utilizaban unas bateas especiales, y el oro se van asentando poco a poco en el fondo de la batea, se buscaba oro en las cuencas de los ríos San Carlos y Guatapé.

El municipio de San Carlos surgió como colonia agrícola en la vertiente de la cordillera, en el sitio intermedio entre la meseta del Oriente y el río Magdalena. Desde allí se oriento a mediados del presente siglo la colonización del Magdalena Medio Antioqueño.

San Carlos en el siglo XX

Para 1913 San Carlos contaba con 5150 habitantes, siendo entonces una población demasiado pobre, entonces los pobladores decidieron entrar a la explotación agropecuaria con plantaciones de café, cacao, maíz, fríjol, yuca y frutales, además del ganado vacuno, equino y porcino, abandonando de esta manera la minería sin dejar atrás la extracción y explotación maderera que para esa época se había convertido en su principal renglón económico

 San Carlos y la Hidroeléctrica en los 80`s

Todo se inicia con la construcción de un sistema de embalses interconectados y que implica la construcción y operación de los embalses El Peñol, San Lorenzo, Playas, Calderas y San Carlos, donde el municipio se convirtió en centro de gran animación, con afluencia de personas de otras nacionalidades y departamentos, sufriendo una transformación moral y social, perdiendo lo tradicional y con una mezcla de costumbres y características extrañas al pueblo que inicialmente era como decían nuestros abuelos “San Carlos, ya no es San Carlos